日本での学名

　日本で始めてマリモを世に紹介した川上瀧彌氏が「是れ緑色藻の一種Cladophora sauteri にしてマリモ（毬藻）の和名を命ず」と発表して以来、日本のマリモの学名はCladophora sauteriと して定着しました。川上氏が日本のマリモをリンネのスウェーデンのマリモではなく、オーストリアのツェラー湖のマリモと同定した真の理由は闇の中ですが、 ある 程度推測はできます。リンネのマリモは大きな球状ではなく現在残っている標本を見ると直径2cmほどしかなく、一方オーストリアのツェラー湖のマリモは 20cmを超えていたという記録があります。川上氏が採取したマリモの大きさはわかりませんが、現在の阿寒湖のマリモの大きさと同じくらいとすると、川上 氏が採取したマリモはツェラー湖のマリモと同じく らいの大きさであったと思われます。とすれば、川上氏が阿寒湖のマリモをツェラー湖のマリモと同じものであるとしたのもうなずけます。あくまで推測なので 他の理 由で同定したのかもしれませんが…。

　その後1980年代まで日本ではマリモの仲間の発見が相次ぎました。発見された場所や、細胞の形によってずいぶんといろいろな種に分けられました。その分類は一番下に記しておきますが膨大な分類がありました。

現在の学名へ

　さてさて90年代に入ると様々な分析装置の発達により分子生物学的な立場から植物を分類することができるようになりました。DNA鑑定といった言葉が一 般に普及しだしたのもこの頃ですね。具体的にはDNAの遺伝子配列を見て生物間の類縁関係を探るといった研究が出来るようになりました。DNA配列が近い ほど近縁種です。
　日本国内に住むマリモとその仲間をのDNAを解析してみると驚くべき結果が出ました。
　まずマリモは分類学上シオグサ目シオグサ属に属しているとされてきましたが 実際にはシオグサ目ではなくミドリゲ目と対等な位置で分岐していることがわかったのです。
　またマリモの仲間の中でもタテヤママリモ以外は全部同じ種だということがわかりました。 つまりマリモは阿寒湖内の近縁種といわれていたフトヒメマリモとは区別ができず、さらに富士五湖に生息していた近縁種のフジマリモとも同じ種だという事が わかりました。 解析の結果例を出すと、阿寒湖のマリモと北海道カラフトマリモとはDNAの500塩基対のうち１塩基対しか違いがなく同種であることがわかりました。
　　さらに海外のマリモとの類縁関係も調べられました。阿寒湖のマリモは最初にリンネが採取したスウェーデンのダンネモーラ湖のマリモと同一種だというこ とがわかりました。またスウェーデンのダンネモーラ湖とオーストリアのツェラー湖のマリモも同一種であることがわかりました。

　これまでのことを踏まえるとマリモはシオグサ属ではないことがわかりましたのでCladophoraという属名は正しくありません。
　そして「日本の各近縁種マリモ（タテヤママリモを除く）＝阿寒湖のマリモ＝スウェーデンのダンネモーラ湖のマリモ（linnaei)=オーストリアのツェ ラー湖のマリモ（sauteri)」（＝は同じという意味ではなく同一種という意味でお願いします）ということがわかりましたので、sauteriより前 に命名されたlinnaeiを用いるのが適当と考えられます。
　そこでこれまでの歴史をさかのぼると1843年にK醇��/font>zingが発表したAegagropila linnaeiという表記が適当だとされました。2002年には藻類の国際誌にもマリモの学名としてAegagropila linnaeiが発表されました。